Il est le fils du futur président de la Tchécoslovaquie, Tomáš Masaryk (1850-1937), et de Charlotte Garrigue.

Démocrate convaincu, il participe au gouvernement d'union nationale après la Seconde Guerre mondiale. Il est trouvé mort à Prague sous les fenêtres du ministère des affaires étrangères en mars 1948 (les communistes de Klement Gottwald soutenus par l'Union Soviétique de Staline ayant pris le pouvoir par la force en février 1948). La police conclut à un suicide alors que beaucoup croient à un assassinat politique suite au putsch communiste dans ce qui serait l'une des dernières défenestrations de Prague. En 2004, la police tchèque a rouvert l'enquête et a conclu à un assassinat.